Dalam RKAP defisit BPJS Kesehatan untuk 2016 diproyeksikan mencapai Rp 9,25 triliun. Akan tetapi, dengan adanya penyesuaian iuran peserta yang berlaku 1 April 2016 lalu, defisit diprediksi sedikit menyusut menjadi Rp 7 triliun.
Selama tahun 2015, program JKN-Kartu Indonesia Sehat (JKN-KIS) yang dikelola BPJS Kesehatan telah bekerja sama dengan 19.969 fasilitas kesehatan tingkat pertama.