Kendati bandara Kualanamu terbilang mewah, ada sejumlah fasilitas yang dianggap tak layak dan dikeluhkan penumpang. Salah satunya adalah fasilitas toilet.
Menteri BUMN Dahlan Iskan "begadang" di Bandar Udara Kualanamu sambil menunggu penerbangan pertama terkait soft operational infrastruktur transportasi udara tersebut.
Bandara Kualanamu menjadi bandara pertama di Indonesia yang terkoneksi dengan jaringan kereta bandara. Abdul Hani mengklaim, Kualanamu mengalahkan bandara Soekarno-Hatta untuk urusan fasilitas prasarana layanan kereta ke bandara.