Klub Portugal ini lolos setelah bermain imbang 2-2 melawan wakil Swiss, Sion, Rabu (24/2/2016) atau Kamis dini hari WIB. Braga melangkah ke babak 16 besar dengan agregat 4-3.
Babak 32 besar Liga Europa 2013-2014 akan berlangsung pada 20 dan 27 Februari 2014. Sementara babak 16 besar akan berlangsung pada 13 dan 20 Maret 2014.