Saat itu, pangreh praja masih menjadi favorit para orang tua karena ketidakpastian karier dokter di masa depan.
Terlebih, keturunan bupati sepertinya memiliki privilese apabila ingin menjadi pangreh praja.
Namun, RM Goembrek memilih untuk mengikuti jejak kakaknya menjadi dokter.
Baca juga: Kongres Pertama Budi Utomo: Lokasi, Agenda, dan Hasilnya
Semangat nasionalisme RM Goembrek tumbuh sejak masuk STOVIA dan bergabung dengan kelompok Soetomo.
Dari kelompok itulah, ia sering mengikuti diskusi terkait masalah kebangsaan dan menjadi salah satu orang yang setia di sisi Soetomo.
Akhirnya, pada 20 Mei 1908, RM Goembrek bersama Soetomo, Mohammad Soelaiman, Soeradji Tirtonegoro, Moehammad Saleh, Gondo Soewarno, Gunawan Mangoenkoesoemo, M. Soewarno, dan Angka Prodjosoedirdjo, mendirikan Budi Utomo.
Selain dikenal sebagai pendiri Budi Utomo, RM Goembrek juga duduk dalam kepengurusan sebagai komisaris.
Pada awal terbentuknya Budi Utomo, para pendirinya sibuk mencari dukungan untuk organisasinya.
Mengingat latar belakang keluarganya, RM Goembrek pun melakukan pendekatan dengan bupati-bupati agar mendukung organisasi Budi Utomo.
Berkat kerja keras para tokoh, Budi Utomo sukses menggelar Kongres Budi Utomo Pertama pada 3-5 Oktober 1908 di Yogyakarta, yang dihadiri oleh 300 peserta, termasuk para bangsawan dan bupati.
Baca juga: Biografi Abdoel Rivai, Dokter Perintis Pers Indonesia
Pada sekitar tahun 1910, RM Goembrek diterjunkan ke medan wabah pes di Malang, Jawa Timur, yang kekurangan tenaga medis.
Ia kemudian dilantik menjadi dokter bumiputra tanpa ujian pada 11 April 1911.
Selanjutnya, dr. RM Goembrek mengikuti program ikatan dinas selama sepuluh tahun pada pemerintah Hindia Belanda.
Setelah sepuluh tahun berlalu, ia masih menjadi pegawai pemerintah dan tidak membuka praktik sendiri.
Selama menjadi dokter bumiputra di bawah pemerintah Hindia Belanda, RM Goembrek pernah bertugas di 34 kota.