Sedangkan wilayah Indonesia Timur masih menjadi bagian dari kekuasaan Belanda sesuai dengan Perjanjian Linggarjati.
Saat ituah, Johannes Abraham Dimara ditugaskan sebagai polisi di Pelabuhan Namlea, Ambon.
Ketika Kapal Sindoro mengibarkan bendera merah putih membawa pasukan ALPI yang berasal di Maluku pada 1946, rasa nasionalisme Dimara bertumbuh.
Johannes Abraham Dimara kemudian berniat menyelidiki kapal tersebut.
Saat itu Dimara naik ke atas kapal dan menemui Kapten Ibrahim Saleh dan Yos Sudarso.
Yos Sudarso meminta bantuan agar kapal dapat merapat di pelabuhan dan menyebarkan berita proklamasi kemerdekaan serta mengusir penjajah di Indonesia Timur.
Setelah melalui perjalanan yang panjang, akhirnya Belanda mengakui kedaulatan Indonesia pada 27 Desember 1949.
Johannes Abraham Dimara bergabung dalam Batalyon Pattimura APRIS dan ikut operasi militer RMS (Republik Maluku Selatan).
Baca juga: Ida Anak Agung Gde Agung: Masa Muda, Kiprah, dan Peran
Johannes Abraham Dimara meninggal di usia 84 tahun, 20 Oktober 2000 di Jakarta.
Untuk mengenang jasanya, ia ditetapkan sebagai Pahlawan Nasional Indonesia melalui Keputusan Presiden RI No. 952/TK/Tahun 2010, 8 November 2010.
Penghargaan lain yang ia dapat adalah: