Apa Itu Whole Genome Sequencing dan Aplikasinya untuk Covid-19

KOMPAS.com - Metode whole genome sequencing digunakan untuk melacak persebaran Covid-19 varian Omicron. Metode ini metode yang rumit sehingga tidak digunakan pada setiap tes. Apa yang dimaksud dengan whole genome sequencing?

Whole genome sequencing

Whole genome sequencing adalah metode yang digunakan untuk mengurutkan genom yang berada di organisme, seperti bakteri, virus, dan manusia. Genom adalah materi genetik yang tersusun dari DNA.

Setiap DNA memiliki urutan sekuens basa nitrogen unik dan berbeda. Penyusun basa nitrogen pada DNA adalah adenin (A), timin (T), sitosin (C), dan guanin (G). susunan yang berbeda akan menghasilkan karakteristik yang berbeda pula, misalnya sidik jari, warna rambut, dan pola-pola unik lainnya.

Penggunaan whole genome sequencing

Metode whole genome sequencing banyak digunakan sebagai penelitian di bidang genetik dan biologi molekuler, termasuk di bidang medis untuk memahami berbagai penyakit. Contoh penggunaan whole genome sequencing antara lain:

• Memahami penyebab penyakit keturunan langka
• Mendapatkan informasi genetik terkait penyakit kompleks, termasuk Covid-19
• Menemukan penyebab mutasi pada berbagai penyakit

Baca juga: Tidak Semua Kasus Dites Whole Genome Sequencing, Seberapa Efektif PCR-SGTF Deteksi Omicron?

Proses whole genome sequencing

Dilansir dari Centers for Disease Control and Prevention (CDC), terdapat empat tahap utama untuk melakukan whole genome sequencing, sebagai berikut:

1. DNA shearing: proses tingkat molekul untuk memotong DNA yang terdiri dari jutaan basa A, C, T, dan G. DNA dipotong hingga ukurannya cukup kecil untuk dimasukkan ke dalam mesin untuk di baca.
2. DNA bar-coding: setiap DNA ditambahkan label atau barcode untuk membantu identifikasi bahwa potongan DNA tersebut milik organisme yang mana.
3. Whole genome sequencing: DNA yang telah diberi barcode dimasukkan ke dalam mesin untuk diurutkan kombinasi basa nitrogennya.
4. Analisis data: setelah data sekuens didapatkan, komputer digunakan untuk membandingkan dengan data sebelumnya dan mencari perbedaannya. Perbedaan ini yang akan menentukan seberapa mirip suatu organisme yang dibandingkan, serta sifat-sifat yang membedakan.

Aplikasi whole genome sequencing untuk Covid-19

Metode ini berperan penting untuk mengetahui jika terjadi mutasi genetik pada virus SARS-CoV-2. Whole genome sequencing membantu para ahli mendapatkan informasi genetik mengenai asal penyakit dan penyebaran varian SARS-CoV-2 di masyarakat, termasuk varian Omicron.

Data hasil metode ini berguna untuk menjadi acuan penelitian berikutnya untuk menunjang pengambilan keputusan terkait pencegahan penyebaran Covid-19. Contoh penelitian lanjutannya antara lain pengembangan obat atau vaksin untuk mencegah penyebaran, serta kebijakan pemerintah dalam upaya mencegah penyebaran yang lebih luas.