1 Agustus 2000
Target: Kedubes Filipina
Korban: 2 orang tewas, 21 orang luka-luka
Pelaku: Abdul Jabar bin Ahmad Kandai (divonis penjara 20 tahun), Fatur Rahman Al-Ghozi dan Edi Setiono

27 Agustus 2000
Target: Kedubes Malaysia
Korban: Tidak ada korban jiwa

13 September 2000
Target: Gedung Bursa Efek Jakarta Korban: 15 orang tewas, 90 orang
luka-luka
Pelaku: Teungku Ismuhadi (divonis 20 tahun penjara)

23 September 2001
Target: Plaza Atrium Senen
Korban: 6 orang luka-luka, tidak ada korban jiwa
Pelaku: Edi Setyono alias Abbas dan Taufik bin Abdul Halim (divonis hukuman mati)

6 November 2001
Target: Australian International School
Korban: Tidak ada

1 Januari 2002
Target: Rumah makan Ayam Bulungan
Korban: 1 orang tewas, 1 orang luka-luka

3 Februari 2003
Target: Kompleks Mabes Polri
Korban: Tidak ada korban jiwa

27 April 2003
Target: Bandara Cengkareng
Korban: Tidak ada korban jiwa, 2 orang luka berat dan 8 lainnya luka sedang dan ringan

5 Agustus 2003
Target: JW Marriott, Kuningan
Korban: 14 orang tewas, 156 orang luka-luka
Pelaku: Asmar Latin Sani (pelaku bom bunuh diri)

26 Juli 2004
Target: Gedung KPU Pusat
Korban: Tidak ada korban jiwa

9 September 2004
Target: Kedubes Australia, Kuningan
Korban: 5 orang tewas, ratusan orang luka-luka
Pelaku: Hasan dan Jabir (pelaku bom bunuh diri)

17 Juli 2009
Target: Hotel JW Marriott & Ritz Carlton Kuningan
Korban: Sedikitnya 9 orang tewas, 53 orang luka luka
Pelaku: Dani Dwi Permana dan Nana Ikhwan Maulana (pelaku bom bunuh diri)